Au premier jour de son poste d'enseignant à l’Institut Xavier, Logan doit faire face à une attaque inattendue.
Trente ans après le jour V, Logan, plus âgé et désorienté, est réveillé du cauchemard qu'il est en train de faire par Sofia, une jeune mutante qui se cache avec son compagnon Fang. De retour à l'Institut Xavier, Wolverine découvre la résistance clandestine qui se construit depuis trente ans. Pendant ce temps, Crâne Rouge et Crossbones tentent de conserver leur puissance et leur controle…